Mensaje Secreto:
Vence a Nightmare en el Sector 5 y ve a la habitación en donde se encuentra el ordenador de navegación sin haber cogido el upgrade para el Difussion Missile.

Finales:
En función del tiempo empleado en completar la aventura y del porcentaje de juego conseguido veremos un final distinto. Un tiempo inferior a las dos horas más un 100% de juego nos desvelará el verdadero rostro de Samus, la chica que habita detrás del biotraje.